Proteiinin Molekyylipainon Laskin

Kategoria: Biologia
- huhtikuu 04, 2025
| |
0
Voimassa

Proteiinin moolimassa lasketaan yhdistelemällä sen aminohappojäämien keskimääräiset isotooppimassat:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Missä:

  • \(n_i\) = Kunkin aminohapon määrä sekvenssissä
  • \(MW_i\) = Kunkin aminohapon moolimassa
  • \(n_{peptide}\) = Peptidisidosten kokonaismäärä
  • \(MW_{H_2O}\) = Vesimolekyylin moolimassa (18.02 Da)

Mikä on Proteiinin Moolimassan Laskin?

Proteiinin moolimassan laskin auttaa määrittämään proteiinin moolimassan sen aminohapposekvenssin tai koostumuksen perusteella. Se laskee myös lisäominaisuuksia, kuten teoreettisen isoelektrisen pisteen (pI), sammutuskerroin, hydrofobisuus (GRAVY-pisteet) ja nettovaraus pH 7:ssa.

Kuinka käyttää laskinta

Laskin tarjoaa useita tapoja syöttää proteiinidataa:

  • Sekvenssimenetelmä: Syötä proteiinin sekvenssi käyttäen yhden kirjaimen aminohappokoodia.
  • Koostumismenetelmä: Syötä manuaalisesti kunkin aminohapon määrä.
  • Edistyneet vaihtoehdot: Käytä muutoksia, kuten asetylointi, disulfidisidokset tai terminaaliset muutokset.

Tärkeimmät ominaisuudet

  • Laskee moolimassan sekä Dalton (Da) että kilodalton (kDa) yksiköissä.
  • Määrittää teoreettisen pI:n aminohappojen pKa-arvojen perusteella.
  • Laskee sammutuskerrointa UV-absorptiossa 280 nm:ssa.
  • Arvioi hydrofobisuutta GRAVY-pisteiden avulla.
  • Ottaen huomioon mukautetut muutokset, kuten fosforylaatio, metylointi ja amidointi.

Miksi proteiinin moolimassa on tärkeä?

Proteiinin moolimassan tunteminen on ratkaisevan tärkeää:

  • Elektroforeesianalyysissä (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Massa-spektrometrin tunnistuksessa.
  • Proteiinipuhdistuksessa ja kromatografiassa.
  • Rakenteellisissa ja toiminnallisissa tutkimuksissa.

Usein kysytyt kysymykset

Kuinka teoreettinen pI lasketaan?

Isolektrinen piste (pI) on pH, jossa proteiinilla ei ole nettovarausta. Se lasketaan Henderson-Hasselbalchin kaavan avulla:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Mikä on sammutuskerroin?

Sammutuskerroin lasketaan tryptofaanin (W), tyrosiinan (Y) ja kystiinin (C) jäämien määrän avulla:

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Kuinka laskin käsittelee muutoksia?

Laskin sallii erilaisten post-translational muutosten soveltamisen, jotka lisätään tai vähennetään proteiinin moolimassasta.

Mikä on GRAVY-piste?

Grand Average of Hydropathy (GRAVY) -piste on mittari proteiinin hydrofobisuudelle. Se lasketaan seuraavasti:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Miksi vesimolekyyli sisältyy laskentaan?

Jokainen peptidisidoksen muodostuminen johtaa yhden vesimolekyylin häviämiseen, joten kokonaismassaa säädetään sen mukaisesti.

Yhteenveto

Proteiinin moolimassan laskin on arvokas työkalu tutkijoille ja opiskelijoille biokemiassa ja molekyylibiologiassa. Olipa kyseessä proteiinin rakenteen analysointi, kokeiden suorittaminen tai tulosten tulkitseminen, tämä työkalu tarjoaa olennaiset mooliominaisuudet nopeasti ja tarkasti.